Hauptstadt der Insel ist Thira, das auch Phira genannt wird. Sie liegt fast genau in der Mitte der runden Kalderna-Bucht, 260m über dem Meer.

Einzigartig und überwältigend ist die Aussicht auf die Kamenes-Inseln, die beim Vulkanausbruch entstanden. Die Lage des Hauptortes am Rand des grauen Lavafelsens ist grossartig, es gibt dergleichen auf keiner anderen Insel der Kykladen. Vom Skala Phiron genannten Hafen aus erklimmt man über Stufen zu Fuß oder mit Huftieren oder mit dem Lift den Weg zur Stadt.

Im Archäologischen Museum (Tel.: 22217) sind Fundstücke aus dem Ausgrabungen auf der Insel zu besichtigen. An der Skaros genannten Stelle sieht man die Ruinen eines der fünf Kastelle (befestigten Siedlungen) der Insel. Von Skala Phiron aus kann mit dem Booten zu den Inseln Palia und Nea Kameni fahren, auf denen man den Krater des Vulkans sieht, aus dem es zwischen den goldglänzenden Felsen raucht. Fast direct an Phira anschliessend liegen Thirostefani und Merovigli mit wunderschöner Aussicht auf die Kalderna-Bucht. Die Strasse führt von dort der Westküste der Insel entlang weiter nach Norden, nach Phinikia, einer Siedlung mit Häusern in kykladischen Stil, und dann in das reizende Oia, 11km nordwestlich von Phira, mit seinen einzigartigen, in den steilabfallenden Fels gegrabenen Häusern.

Im Ort gibt es ein Marinemuseum. Über Stufen kommt man hinunter zu den Stränden Armenaki, Ammudi und Katharos. Pyrgos ist ein im Inselinneren gelegenes Dorf im Südosten von Phira, das amphitheaterartig an den Hängen des Profitis Ilias-Berges erbaut ist.

Der ort war eines der mittelalterlichen Kastelle der Insel, von dem Reste erhalten sind. Etwas weiter westlich davon ist der Hafen Athinio. Im Südwesten des Hauptortes, in der Nähe des Dorfes Akrotiri befindet sich die gleichnamige Ausgrabungsstätte, eine der bedeutendsten nicht nur der Kykladen, sondern der ganzen Ägäis: Die Ausgrabungen begannen dort im Jahre 1967 und brachten eine prähistorische Stadt zutage. Der schreckliche Vulkanausbruch des Jahres 1500 v.Chr. zerstärte die Stadt und begrub sie unter seiner Lava. Unter der dicken Schicht blieb sie Jahrhunderte lang fast unversehrt, wie sie am Tag der Katastrophe gewesen war. Die herrlichen Wandmalereien von Akrotiri sind in einem eigenen Saal im Nationalmuseum von Athen ausgestellt.

Östlich von Akrotiri liegt Emporio oder Niborio, wie es die Einheimischen nennen, und dann ewas weiter Perissa, eine Küstensiedlung mit einem wunderschönen Schwarzen Sandstrand. Etwas weiter nördlich an der Mesa Vouno genannten Stelle sind Überreste des antiken Thira zu sehen, der Hauptstadt der Insel im 8.Jahr.v.Chr. In Phyra werden im Sommer Musikfestspiele abgehalten. Bei vielen Kirchen und Kapellen der Insel gibt es während des Jahres Kirchenfeste, mit Festessen, Tanz und Gesang.

Santorini besteht aus vulkanischem Gestein, die Westküste ist felsig und steil, im Osten gibt es schöne Strände und fruchtbare Ebenen, mit Weingärten und Gemüsefeldern, Tomaten und gelbe Linsen gedeihen hier besonders gut. Von den landwirtschaftlich Produkten sind der Wein und die schmackhaften gelben Linsen über die Grenzen der Insel hinaus bekannt. Ursprünglich hiess die Insel wegen ihrer Schönheit Kallisti (d.h. “Die Schönste”) und Strongyli (d.h “die Runde”). Die Dorer, welche die Insel zu Beginn des ersten Jahrtausends v.Chr. besiedelten nannten die Insel Thera, nach ihrem ersten mythischen Siedler. Die Venezianer nannten die Insel Santorin und dieser Name erhielt sich über die Zeit der Venezianischen Herrschaft hinaus (“Santorin”, griechisch “Santorini” ist eine Verballhornung von “ÄSanta Irene”, nach der gleichnamigen Kirche).

Die Insel war seit dem 3. Jahrtausend v.Chr. bewohnt. Um 1500 v.Chr. gab es einen katastrophalen Vulkanausbruch, bei dem ein Teil der Insel versank und ihre bis dahin glänzende wirtschaftliche und kulturelle Entwicklung zum Stillstand kam. Während der Perserkriege wurde Santorini von den Gegenparteien erobert.

In byzantinischer Zeit gehörte die Insel zur Provinz Ägäis, 1207 wurde sie von den Venezianern erobert. Nach dem Angriff und der Plünderung durch Barbarossa (1537) ergab sie sich den Türken. Während der Zeit der Venezianischen Herrschaft nahmen viele Bewohner von Santorini den katholischen Glauben an, darauf hin wurden auch viele katholische Kirchen erbaut.

Santorini unterhält Flugverbindungen mit Athen, Mykonos, Rhodos und Heraklion auf Kreta, im Sommer auch mit Thessaloniki.

Der Flughafen liegt 7km ausserhalb des Hauptortes.

Mit Fährschiffen regelmässige Verbindungen von Piräus und Thessaloniki aus nach Athinio-Santorini.

Die Entfernung beträgt 130 Seeemeilen nach Piräus und 291 nach Thessaloniki.

Mit Fährschiffen unterhält Santorini auch Verbindungen mit anderen Inseln der Kykladen sowie mit denen der Dodekanes und mit Kreta. Im Sommer bestehen zudem auch Verbindungen mit Skitahos und Skyros.

Mit Schnellbooten bestehen Verbindungen von Rafina aus zu vielen Inseln der Kykladen.